Film ? (Tanda Tanya) memiliki fokus pada hubungan antar agama di Indonesia, sebuah negara di mana konflik agama menjadi hal yang umum, dan ada sejarah panjang kekerasan dan diskriminasi terhadap Tionghoa Indonesia. Alur cerita film menceritakan tentang tiga keluarga yang tinggal di sebuah desa di Semarang, Jawa Tengah: keluarga Tionghoa-Indonesia dan beragama Buddha, Tan Kat Sun (Hengky Solaiman) dan anaknya Hendra (Rio Dewanto), pasangan muslim, Soleh (Reza Rahadian) dan Menuk (Revalina S. Temat), dan seorang konver Katolik Rika (Endhita) dan Abi anaknya yang seorang Muslim.
Sun dan Hendra menjalankan sebuah restoran masakan Tionghoa yang menyajikan daging babi, yang dilarang bagi umat Islam, meskipun restoran memiliki klien dan staf Muslim. Untuk memastikan hubungan baik dengan karyawan muslim dan pelanggannya, Sun menggunakan peralatan khusus untuk mempersiapkan daging babi di mana ia tidak mengizinkannya untuk digunakan untuk hidangan lainnya, dan memungkinkan stafnya memiliki waktu untuk shalat, ia juga memberi mereka liburan selama Idul Fitri, hari libur Muslim yang terbesar. Salah satu karyawannya adalah Menuk, yang mendukung Soleh, suaminya yang menganggur. Rika adalah teman Menuk dan terlibat dengan seorang aktor muslim yang gagal, Surya (Agus Kuncoro).
Pada usia 70-an, Sun jatuh sakit, dan restoran diambil alih oleh Hendra, yang memutuskan itu akan melayani secara eksklusif masakan dari daging babi dan mengasingkan pelanggan Muslimnya. Hendra masuk ke dalam konflik dengan Soleh atas Menuk, Hendra yang sebelumnya pernah menjadi kekasihnya. Menuk menjadi semakin tertekan setelah Soleh mengatakan kepadanya bahwa ia berencana untuk menceraikannya, dan mereka didorong untuk berpisah. Rika merasa stres karena bagaimana dia telah dirawat oleh tetangganya dan keluarganya yang telah berpindah agama ke Katolik dari Islam, Abi juga menghadapi pengucilan. Sementara itu, Surya dan Doni (Glenn Fredly) bersaing untuk kasih sayangnya. Surya marah atas kegagalan untuk menemukan pekerjaan akting yang baik.
Soleh bergabung dengan kelompok amal Islam, Nahdlatul Ulama (NU), berharap untuk mendapatkan kepercayaan. Meskipun ia awalnya enggan untuk melindungi keamanan gereja, ia akhirnya mengorbankan hidupnya ketika ia menemukan bom telah ditanam di sebuah gereja Katolik. Dia bergegas keluar dengan bom, yang meledak di luar gereja, membunuh Soleh tapi jauh dari jemaat. Sun meninggal ketika restoran, yang saat itu tidak tutup untuk menghormati Idul Fitri, diserang oleh sekelompok umat Islam. Setelah serangan itu, Hendra membaca 99 Nama Allah dan memeluk Islam, ia mencoba untuk mendekati Menuk, meskipun tidak jelas apakah ia akan menerima dia. Surya menerima tawaran dari Rika untuk memainkan peran Yesus di gerejanya pada saat perayaan Natal dan Paskah, di mana ia menerima bayaran yang tinggi setelah ragu-ragu karena takut bahwa hal itu akan bertentangan dengan agamanya, setelah perayaan tersebut dia membaca Al-Ikhlas di dalam masjid. Rika mampu memperoleh restu orangtuanya untuk perpindahan agamanya.
